在动物疫病监测中，样品采集的准确和规范程度直接关系动物疫病监测结果。因此，采送样单位要建立健全监测采样管理制度，做好人员防护，保证样品本底清晰、可追溯；样品包装要密封完好，防止溢洒，在规定时间内运送到指定实验室；接样或检测单位要认真查验采样记录单，并按规定处理、保存；送检、接收样品要逐级履行登记、审核、签字、盖章制度。
1样品采集准备工作
1.1样品采集人员熟知动物疫病防控相关的法律法规及专业知识，熟练掌握各种动物不同疫病的采样方法和程序。
1.2根据采集样品的不同，要准备好采样器械、样品容器、采样记录用品、样品保存液、人员防护用具、环境消毒用品和废弃物收纳容器等。
1.3采样所使用的器械必须经过严格消毒，金属器械可采用高压、干烤、煮沸灭菌方法；器皿可以用高压、干热灭菌或用0.5%～1%碳酸氢钠煮沸灭菌；采样用的注射器和针头尽量使用一次性的。
2样品采集一般原则
2.1疑似炭疽的病死动物严禁剖检。
2.2采样应该遵循由表及里、从胸腔到腹腔、先采实质器官后采肠腔器官的原则。
2.3适时采样。严格按照检测对象和项目所要求的时间及时采样，比如：病死动物应在病死后6小时内采样，血液样品禁食8小时后采样，免疫抗体检测样品一般在免疫21天后采样等。
2.4合理采样。按照检测对象和项目要求，采集的样品数量和种类应有所侧重，暂时无法确定时，采取的病料要尽可能齐全，除了内脏、淋巴结和局部病变组织外，还应采取脑组织。
2.5典型采样。采样应根据发病动物典型临床症状、病变、是否治疗和有无并发症等情况，选择未治疗、病变明显、兼顾并发症等准确采样。
2.6无菌采样。采样所用工具和容器要经过灭菌处理，采样要做到无菌操作，同时做到不污染环境。
2.7适量采样。采集样品的数量要满足诊断检测的需要，以备必要的复检使用。
2.8安全采样。采样过程中，采样人员严格做好个人防护、防止病原扩散，避免生物安全事故发生。采样结束后，要对废弃物进行集中无害化处理，并对采样环境进行彻底消毒。
3样品采集方法
3.1血液样品采集
动物采血方法较多，可根据不同动物种类采取不同的方法，牛常用尾静脉采血，羊用颈静脉采血，猪用前腔静脉采血，禽类用翅静脉采血，必要的情况下，同一畜禽平行采集抗凝血和非抗凝血。抗凝血常用作细菌或病毒检验样品，非抗凝血即不加抗凝剂的血液，待血液凝固后析出血清一般用作血清学试验。血片采取动物末梢血液、静脉血或心血。
3.2组织样品采集
组织样品采集时，剥离动物皮肤时可用常规器械，打开体腔和采集病料要用消毒过的器械，采用无菌操作方法采集病料，保证病料新鲜无污染。采取病料时，应根据动物发病情况或初步诊断结果，有选择地采取相应病变最严重的脏器或典型的病变内容物。如分不清病的性质或种类时，可全面采取病料。采集有病变的器官组织，要采集病变和健康组织交界处，先采集实质器官，后采集采肠腔器官。
3.3其它常见样品采集
3.3.1采集尿液样品应在早上进行，用清洁的容器接取中段尿液。
3.3.2大动物胃液采集可用多孔胃管抽取，活体动物瘤胃内容物，可以在动物反刍时采集。
3.3.3采集牛、羊0-P液（咽食道分泌物），要求被检动物禁食（可饮少量水）12小时，采样探杯使用时要做好消毒和清洗。
3.3.4生殖道样品主要采集动物流产排出的胎儿、死胎、胎盘、阴道分泌物、阴道冲洗液、阴茎包皮冲洗液、精液、受精卵等。
3.3.5采集脓汁用作病原菌检验的，应在药物未治疗前采取，采集已破口脓灶脓汁，宜用棉拭子蘸取，未破口脓灶，用注射器抽取脓汁。
3.3.6采集脊髓液使用特制的专用穿刺针，或用长的封闭针头（将针头稍磨钝，并配以合适的针芯），采样前，对术部及用具进行消毒。
3.3.7采集猪活体扁桃体应使用专用扁桃体采集器，先用开口器开口，可以看到突起的扁桃体，把采样钩放在扁桃体上，快速扣动扳机取出扁桃体放离心管中。
3.3.8采集乳汁时，乳房先用消毒药水洗净，最初所挤的3～4把乳汁弃去，然后再采集10毫升左右乳汁于灭菌试管中，进行血清学检验的乳汁不应冻结、加热或强烈震动。
3.3.9采集棉拭子样品要用灭菌的棉拭子，置于磷酸盐缓冲盐水（pH7.2～7.4）。同一动物、同一环境区域、同一运输车辆采集的不同位置的棉拭子常分别置于同一个离心管中。
3.3.10皮肤样品常采集活动物的病变皮肤，如新鲜的水疱皮、结节、痂皮等；活动物疥螨、痒螨等寄生虫病检测样品常在患病皮肤与健康皮肤交界处刮取皮屑。
3.3.11粪便样品要新鲜，少量粪便样品可投入无菌缓冲盐水或肉汤试管内，较多量可装入灭菌容器内，做细菌检验的粪便，最好是在动物使用抗菌药物之前采集，寄生虫检验粪便应选自新排出的粪便或直接从直肠内采得。
3.3.12全脑做病毒检查，可将脑浸入30%甘油盐水液中或将整个头部割下，用浸过消毒液的纱布包裹，置于不漏水的容器内保存。牛、羊海绵状脑病采样时先打开头盖骨，取脑干延髓的脑闩区域，需冷冻保存，其余大脑、小脑、脑干组织采集后立即置于10%福尔马林中，越快越好。狂犬病尼格里氏体检查，脑组织取样应较大，一部分供在载玻片上作触片用，另一部分供固定。
4样品的记录、包装、保存和运送
4.1采样的同时，填写采样单（一式三份），包括场名、地址、畜种、日龄、联系人、电话、规模、采样数量、样品名称、编号、免疫情况、临床表现及采样人和采样单位信息等。采样单和病史资料盖章后装在塑料包装袋中随样品送实验室。
4.2样品的包装应严密，做到防污染、防渗漏，每个样品都要单独包装。采集的样品经过包装、表面消毒后由专人以最快的速度送往实验室，样品运送要做到冷链运输。样品在送检过程中要缓冲放置，避免剧烈震动。
4.3接样或检测单位要认真查验采样单、病史资料和送检样品，核实无误后，详细填写接样单，按规定对样品处理、保存，以备检测使用。